Jacobus Arminius (Harmensz.) werd geboren te Oudewater, hoogstwaarschijnlijk in 1559 (al wordt in oudere biografieën 10 oktober 1560 vermeld). Zijn vader, de wapensmid Harmen Jacobsz., was toen reeds overleden. In Oudewater, dat tot 1572 onder Spaans bestuur zou blijven, werd Jacob opgevoed door een priester met protestantse sympathiën, Theodorus Aemilius. Omstreeks 1572 verhuisden beiden naar Utrecht. Jacob bezocht daar wellicht de Hieronymusschool, waar hij de latere hofpredikant Johannes Wtenbogaert (1557-1644) reeds kan hebben ontmoet. Aemilius overleed in 1574 of 1575. Kort daarop vond Arminius een nieuwe weldoener in de persoon van de mathematicus Rudolphus Snellius (1547-1613), eveneens uit Oudewater afkomstig. Snellius, op bezoek in Utrecht, nam Arminius mee naar Marburg om hem te laten studeren aan de universiteit, waar Snellius destijds hoogleraar was. In augustus 1575 werd Oudewater gebrandschat door Spaanse troepen, die de moeder, broers en zussen van Arminius vermoordden.
Arminius bezocht daarop zijn geboorteplaats, keerde terug naar Marburg, maar schreef zich in 1576 in als student aan de pas opgerichte universiteit van Leiden.

Arminianism derives its name from Jacobus Arminius. Jacobus Arminius (also Jacob Arminius, James Arminius, and his Dutch name Jacob Harmenszoon or Jakob Hermann) (1560-1609) was a Dutch theologian and (until 1603) professor in theology at the University of Leiden. He wrote many books about theological problems.
Arminius was born at Oudewater, Utrecht, on October 10, 1560. Arminius is a Latinized form of Hermannsoon or Hermansen. His father died while Jacobus was an infant, leaving his mother a widow with small children. A priest, Theodorus Aemilius, adopted Jacobus and sent him to school at Utrecht. His mother was slain during the Spanish massacre of Oudewater in 1575. About that year Arminius was sent to study theology at the University of Leiden by the kindness of friends (Rudophus Snellius).

Hij volbracht zijn studies in de vrije kunsten en de theologie met zoveel glans dat het kramersgilde van Amsterdam hem in 1581 een beurs verschafte voor verdere studie te Genève onder Calvijns opvolger, Thédore Béza; Wtenbogaert was zijn mede-student. Arminius bleef te Genève tot 1586 (al bracht hij in 1583-1584 twee semesters door aan de universiteit van Bazel) en reisde vervolgens naar Italië. In 1587 werd hij als predikant beroepen naar Amsterdam. In 1588 werd Arminius in zijn ambt bevestigd in de Oude Kerk.

Arminius remained at Leiden from 1576 to 1582. His teachers in theology included Lambertus Danaeus, Johannes Drusius, Guillaume Feuguereius, and Johann Kolmann. Kolmann believed and taught that high Calvinism made God both a tyrant and an executioner. Under the influence of these men, Arminius studied with success and had seeds planted that would begin to develop into a theology that would later compete with the dominant Reformed theology of John Calvin. Arminius began studying under Theodore Beza at Geneva in 1582. He was called to pastor at Amsterdam and was ordained in 1588. He was reputed to be a good preacher and faithful pastor.

Vanaf 1591 werd Arminius door een andere Amsterdamse predikant, Petrus Plancius (1552-1622), aangevallen vanwege zijn te rekkelijk geachte visie op de predestinatie (goddelijke uitverkiezing); het conflict werd in 1593 gesust. In 1603 werd Arminius, na een inderhaast verworven doctoraat, hoogleraar theologie te Leiden, zeer tegen de zin van collega-hoogleraar Franciscus Gomarus (1563-1541). Al in 1604 kwamen beiden in aanvaring met elkaar, toen Arminus de leer van de predestinatie trachtte te verzachten (voor Gomarus lag al voor het begin van de Schepping onomstotelijk vast wie verkoren of verdoemd was, voor Arminius niet). Plancius keerde zich opnieuw tegen Arminius en al snel groeide het conflict uit tot een nationale strijd, waarbij Arminius soms van katholieke en Spaanse sympathieën werd beschuldigd. In 1607 werd een commissie ingesteld die een synode moest voorbereiden om het conflict te beslechten (pas in 1618 zou een synode daadwerkelijk worden bijeengeroepen). De Staten van Holland lieten in 1608 de Hollandse leden van de commissie met de twee kemphanen bijeenkomen voor het Hof van Holland. Dit loste niets op, en Arminius en Gomarus werden opgeroepen voor de Staten van Holland te verschijnen. Arminius las daar zijn Verclaringhe voor, zijn beroemdste geschrift. Andermaal werd geen verzoening bereikt. In augustus 1609 belegden de Staten een nieuwe zitting om de twee theologen tot elkaar te doen komen. Arminius tobde al enkele maanden met zijn gezondheid en moest wegens ziekte de vergadering verlaten. Hij stierf thuis, op het Pieterskerkhof te Leiden, op 19 oktober. Zijn volgelingen zouden uiteindelijk het onderspit delven tijdens de Synode van Dordrecht en zich in 1619 als Remonstrantse Broederschap afscheiden van de Gereformeerde Kerk.

Arminius is best known as the founder of the anti-Calvinistic school in Reformed Protestant theology, and thereby lent his name to a movement which resisted some of the tenets of Calvinism - Arminianism. The early Dutch followers of Arminius' teaching were also called the Remonstrants, after they issued a document containing five points of disagreement with classic Calvinism, entitled Remonstrantiœ (1610). In attempting to defend Calvinistic predestination against the onslaughts of Dirck Volckertszoon Coornhert, it is contended that Arminius began to doubt and thus modified some parts of his view. However, in a much less severe way compared to John Calvin's difference on the issue of limited atonement from his Institutes of the Christian Religion to his later commentaries. He became a professor of theology at Leiden in 1603. Jacobus Arminius died in Leiden on October 19, 1609. The theology of Arminianism was not fully developed during Arminius' time, but was systematized after his death and formalized in the Five articles of the Remonstrants in 1610. The works of Arminius (in Latin) were published at Leiden in 1629, and at Frankfort in 1631 and 1635. After his death the Synod of Dordrecht (1618-1619) judged his theology and its adherents anathemas.
John Wesley, founder of the Methodist movement, embraced Arminian theology and became its most prominent champion. Today, Methodism remains committed to Arminian theology, and Arminianism itself has become one of the dominant theological systems in the United States.